王撰騎士団が白夜の魔眼殲滅のため浮遊魔宮に乗り込んでいた頃、クローバー王国のあちこちで異変が起こっていた。
アスタたちの故郷・ハージ村はずれにある魔人のドクロが輝きだしたり、国中の人々の中にも全身が光りだす者が現れる。
それは奪った魔石と強力な魔力によってリヒトが発動させた“転生魔法”の仕業だった。
ヤミ団長はその異変を調べようとした矢先、マルクスと医師オーヴェンが現れる。
光り輝くふたりは自らを「エルフの民」と名乗り、ヤミに今までよりはるかに巨大な魔力で攻撃を仕掛けてきた。
そしてシャーロット団長も……。